8月12日からPrime Videoで見放題独占配信(C)2025 劇場版TOKYO MER製作委員会全国主要都市での実績が評価され新設された、離島での事故や災害に対応する「南海MER」。その試験運用のためチーフドクターの喜多見（鈴木亮平）や看護師の夏梅が指導スタッフとして赴任したものの、なかなか出動要請が出ず廃止も検討されていた。しかしある日、突如として大規模な火山噴火が発生。絶望的な状況の中、南海MERは島に取り残された79名全員の命を救うため、決死のミッションに挑む。
