搭載OSは、コピー&ペーストやMMSなどに対応したiPhone OS 3.0。iPhone内やメール、カレンダーの内容を検索できる機能や、メールやメモ、ブラウザで利用できる横表示対応のソフトウェアキーボードを備えている。加えて、Appleのサービス「MobileMe」と連携することで、紛失したiPhoneの現在地を表示する機能や、遠隔操作でデータを消去できる機能も利用できる。
なお、現行のiPhoneユーザーは、6月17日よりiPhone OS 3.0へ無償でバージョンアップが可能となる。iPod touchユーザーは9.95ドルでバージョンアップが可能。