OSはWindows Mobile 5.0 for Pocket PCとなっている。Windows Mobile 6が発表されたばかりだが、EM・ONEに搭載するかどうか、イー・モバイルでは今後マイクロソフトと協議する。ただし、Windows Mobile 5ながらも、ワイドVGA表示など、Windows Mobile 6でもサポートされていない独自機能が搭載されており、最新OSへの対応は課題が少なくないという。
このほか、ワイドVGA表示対応のInternet Exploer Mobile、Opera Mobile、Picsel PDF Viewer、Windows Player 10 Mobile、ブンコビューアなどのソフトがプリインストールされる。イー・モバイルのサービスは定額だが、パケットカウンタも用意されている。またメーラーとしては、SDメールが用意されているが、メールアドレスはパソコン向けのものを活用する形になる。音声サービス提供開始後も、イー・モバイル独自のメールアドレスが提供される可能性は低いという。